La història d’aquestes dues escoles ve de lluny, quan el 30 d’octubre de 1843 les Germanes Carmelites es van establir a Sant Joan per obrir un col·legi per a nenes .
De l’escola parroquial les primeres notícies són del 1935, quan el rector de la parròquia, Mossèn Sanglas , i el Batlle de Sant Joan, Francesc Arnau, van obrir una escola als locals situats al passeig Macià , ara anomenat passeig del Comte Guifré, fent-se càrrec del material pedagògic i prenent-ne possessió com a mestre titular mossèn Ramon Vidal i Pietx .
Aquesta escola parroquial va anar canviant de locals i l’any 1974 es va establir al mateix edifici del col·legi de les Germanes Carmelites Vedruna, formant un sol centre ABADESSA EMMA i prenent oficialment el nom de FUNDACIÓ ESCOLA ABADESSA EMMA a l’any 1985.
L'any 2005 l’Ajuntament de la nostra vila presidit per l’alcalde Carles Bassaganya, aconsegueix que es signi entre el Patronat de la Fundació, l'Ajuntament i el Departament d'Educació un pacte per poder assolir l'ESO a Sant Joan de les Abadesses.
A partir d'aquest moment l'escola passa a titularitat municipal amb el nom de CENTRE MUNICIPAL ABADESSA EMMA.
Actualment és un centre de Primària i Secundària però a partir del curs 2006/07 anirà reduïnt en Primària i augmentant en Secundària.
